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试管怀孕胎停的原因很复杂，需要去排除多种问题：一、种子的问题，包括精子、卵子和受精卵任何一方出现染色体的异常都会出现胚胎停育。二、环境问题，包括母体子宫环境、母亲的身体环境、家庭环境，还有生存的大环境。任何一方出问题都可能导致胚胎停育。子宫环境，如子宫畸形、子宫粘连、子宫有多发的内膜息肉、肌瘤等，另外母亲有糖尿病、甲亢、甲减等内分泌疾病，还有大自然的辐射，这些都会对胚胎发育产生影响。
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