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常发生在肛门及外生殖器等部位，皮损开始时表现为丘疹，表面凹凸不平，呈乳头状、菜花状、鸡冠状或颗粒状，皮损逐渐增大。少数病人看不到皮损，趋于亚临床期或者是潜伏期感染，潜伏期感染局部皮肤黏膜外观完全正常，用醋酸白试验检查也是阴性的，要通过分子生物学方法才能检测到HPV的存在。亚临床期感染也不能，要通过醋酸白试验，检测可以表现为阳性，当取于亚临床期和潜伏期的病人是看不到皮损的。
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