新生儿呼吸暂停的鉴别主要是针对继发性呼吸暂停。鉴别点主要在于引起呼吸暂停的原因，例如需要鉴别的是神经系统、神经肌肉以及呼吸循环消化系统的疾病需哦引起的呼吸暂停。例如当孩子出现颅内出血，缺氧缺血性脑病的时候，会造成神经系统损伤引起呼吸暂停；如孩子出现吞咽、吸吮不协调则要考虑神经肌肉疾病所引起的呼吸暂停；如果孩子存在呼吸道阻塞、气胸、膈肌麻痹则有可能是呼吸系统疾病引起的呼吸暂停。另外有些孩子消化系统疾病，也会诱发呼吸暂停的出现，其中包括胃食管反流、喂养不耐受、新生儿坏死性小肠结肠炎等，需要进行腹部的查体来进行鉴别。心血管系统疾病也会引起呼吸暂停，其中主要包括心力衰竭、动脉导管未必等，这些可以结合患儿的其他表现，以及心脏的超声检查来进一步诊断。血液系统疾病中贫血会引起呼吸暂停的出现，可以进行血常规的检查来判断血红蛋白的情况。感染也会导致呼吸暂停，可以通过血常规检查，判断白细胞、C反应蛋白是否升高，来判断孩子是否出现感染。除此之外创伤代谢性疾病也会导致孩子呼吸暂停的情况，需要进一步明确病史以及完善必要的检查。
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