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小儿脑炎的诊断是综合诊断，包括临床症状、实验室的检查、影像学检查等。其中实验室检查就包括血、脑脊液的检查。血的检查有血常规、肝肾功能、电解质、抗原抗体的检测，还有核酸的检测等。最重要的是脑脊液的检测，需要在急性期完善腰穿脑脊液的检查，评估脑脊液的压力、脑脊液常规生化、脑脊液的病原抗体、脑脊液的核酸、脑脊液免疫相关抗体的检测。明确诊断脑炎是病毒性的、免疫性的，还是感染性的。当孩子出现潜在的症状时，建议及时去医院进行检查，进行实验室的检测，防止贻误孩子脑炎治疗的时机，影响预后。
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