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从对发育影响的概率来看，可能丙硫氧嘧啶相对发生致畸的风险要比甲巯咪唑在孕早期发生致畸的风险要小。 实际上无论孕期甲亢吃什么药，可能对胎儿或多或少都有影响，因为这些药物是可以透过胎盘屏障的，尤其是在孕早期，吃了抗甲状腺药物可能会影响胎儿的这种生长发育，会出现致畸的情况。近期在研究当中发现甲巯咪唑这一类的药物在孕早期使用胎儿的致畸的发生率可能有将近3%的这样的比例。 使用丙硫氧嘧啶，对于胎儿致畸的发生率大概有1.6%左右的这样比率，所以哪个药可能都会对胎儿的发育有影响。
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