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百日咳主要是百日咳杆菌引起，主要受累的地方是气管和支气管，但也可能是毛细支气管及肺泡引起肺炎。百日咳引起的肺炎，治疗是一样的，百日咳出现了合并其他病毒、细菌或支原体、衣原体感染。治疗上如果是流感病毒感染，需要用奥司他韦治疗。如果是合并腺病毒感染，需要用伐昔洛韦和更昔洛韦治疗。如果是细菌感染，需要用头孢曲松等抗生素治疗。如果是支原体、衣原体感染，需要用阿奇霉素或红霉素治疗。其他止咳、雾化、化痰治疗，和百日咳一样。
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