胚胎移植失败的原因可能是胚胎在子宫腔中着床发生意外或胚胎发育到可以种植的阶段，但落下时没找到合适的着床位。
在胚胎放入到宫腔里后，根据不同胚胎发育的时间，在着床前，胚胎在宫腔中会缓慢的游动2~5天的时间才能着床，这个期间会发生很多意外情况，像胚胎质量不够好，在没有达到种植的发育阶段前就已经枯萎，就没有办法成功的种植，或胚胎很顽强，发育到可以种植的阶段，可在落下时没有找到宫腔合适着床的位置，或这个位置正好被别的物质挡住。
像宫腔息肉、宫腔纵隔等，这些因素都会导致种子没有办法在宫腔里成功种植，最终表现为胚胎的种植失败。
所以，最主要的两个原因就是胚胎的因素和子宫腔的因素，会导致胚胎种植失败。
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