功能性消化不良是以胃和十二指肠功能紊乱为表现的一组临床综合征，可以表现为上腹痛、上腹胀。功能性的消化不良，目前没有特效的药物，主要是经验性的对症支持治疗。
如果患者以上腹痛为主要临床表现，主要是给予抑制胃酸分泌以及保护胃黏膜的药物进行治疗，抑制胃酸分泌常用的有质子泵抑制剂和组胺H2受体拮抗剂。质子泵抑制剂，包括奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑等。组胺H2受体拮抗剂，有法莫替丁、雷尼替丁等。保护胃黏膜的药物也有很多种，包括吉法酯、铝碳酸镁、硫糖铝、替普瑞酮、瑞巴派特等。
以上腹胀为主要临床表现的，是给予帮助消化的药物以及促进胃肠动力的药物。帮助消化的药物，包括各种消化酶，促进动力的药物，包括多潘立酮、莫沙必利等。
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