胶囊小肠镜检查时间通常需要1~2天，具体时间因人而异。
排便习惯正常的受检者通常吞服胶囊小肠镜以后，通常会经历1~2天从体内排出胶囊内镜，从而完成整项检查程序，但是具体的排出时间与受检者日常排便习惯存在密切关系。胶囊小肠镜若超过3天未从体内排出，应尽早到医院接受详细检查，以免严重后果发生。胶囊小肠镜吞咽后会立即开启录像功能，医生可在接收屏幕观察到小肠及其他消化道内脏器组织的病变位置及状况。
正常情况下胶囊内镜会在4个小时内离开胃部，患者在此之间禁止进食，以免胶囊内镜与食物发生混合，从而影响检测结果的准确性。
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