脑炎分为病毒性脑炎、细菌性脑炎、真菌性脑炎、寄生虫性脑膜炎等。
1.病毒性脑炎。包括巨细胞病毒性脑炎、水痘-带状疱疹病毒脑炎、单纯疱疹病毒性脑炎、流行性乙型脑炎、狂犬病毒性脑炎等。病毒性脑炎按照发病急缓情况，又分为急性病毒性脑炎和慢性病毒性脑炎。
2.细菌性脑炎。包括结核性脑膜炎、化脓性脑膜炎。
3.真菌性脑炎。常见的是新型隐球菌脑炎。
4.寄生虫性脑膜炎。例如脑囊虫病。
不同的脑炎治疗方法也不同，需要针对性用药治疗。脑炎不同于其他疾病，临床上对于脑炎的治疗比较灵活、机动。
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