霉菌性腹泻是因为感染了霉菌，导致患者的肠道黏膜受损，引起霉菌感染，可能与患者的机体免疫力下降，或者长期接受抗生素以及激素治疗，导致患者出现了肠道内菌群失调，给霉菌的感染创造了机会。
从中医的角度，霉菌性腹泻主要考虑是脾胃气血亏虚引起，该疾病常表现为腹泻呈水样便，部分患者也可能会出现血样大便，每日可达10余次。如果侵犯了食道，还可能会引起吞咽困难、厌食、呕吐甚至呕血。
如果不及时治疗，有可能会导致毒菌扩散至全身，引起呼吸系统以及中枢神经系统的病变。
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