在腹泻时接种乙肝疫苗可能会导致患者的症状加重，如出现周身不适、头晕、头痛、严重发热等，个别患者会出现腹痛、腹泻、恶心、呕吐等，症状基本会在24个小时内消失。
也有部分患者可能会出现局部不适的反应，如接种的部位会出现炎症反应，也会有局部淋巴结肿大或淋巴管炎的反应，症状一般在48~72个小时会明显消退，不需要进行特殊治疗。
一般情况下，不建议患者在严重腹泻时选择接种乙肝疫苗，因为也可能会影响疫苗的效果。
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