沙眼主要和其他滤泡性结膜炎相鉴别。慢性滤泡性结膜炎，原因不明，常见于儿童及青少年，皆为双侧。下穹窿及下睑结膜见大小均匀、排列整齐的滤泡，无融合倾向。结膜充血并有分泌物，但不肥厚，数年后不留痕迹而自愈，无角膜血管翳。
无分泌物和结膜充血等炎性症状者称为结膜滤泡症，一般不需治疗，只有在有自觉症状时才按慢性结膜炎治疗。春季结膜炎，睑结膜增生的乳头大而扁平，上穹窿部结膜无病变，也无角膜血管翳，睑结膜刮片涂片可见大量嗜酸性细胞。
包含体性结膜炎，与沙眼的主要不同在于，滤泡以下穹窿部和下睑结膜显著，没有角膜血管翳，可以通过实验室检查，即针对不同衣原体抗原的单克隆抗体和免疫荧光检测，鉴别其抗原血清型，从而与之鉴别。巨乳头性结膜炎，结膜乳头可与沙眼性滤泡相混淆，但有明确的角膜接触镜佩戴史。
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