缺血性结肠炎应该与感染性肠炎、溃疡性结肠炎、克罗恩病、出血坏死性小肠炎、结肠肿瘤、伪膜性肠炎、放射性肠炎等疾病相鉴别。
通过临床表现，如剧烈腹痛、腹泻、血便，腹部症状与体征不相符合，可以通过实验室检查血象升高、血沉增快，还可以通过结肠镜检查发现病变部位以左半结肠为主，几乎不累及直肠，这一点可以和溃疡性结肠炎相鉴别。
病理学检查表现为黏膜充血、水肿、糜烂，选择性肠系膜动脉造影可以了解血管的情况，发现血管的病变，对于缺血性结肠炎的症状，有很大的帮助。
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