如果卵巢囊肿比较小，考虑是生理性囊肿，是可以做试管婴儿的。如果是病理性囊肿，建议手术后再做试管婴儿，因为做试管婴儿需要使用促排卵药，如果有卵巢囊肿，用促排卵药很容易刺激卵巢长大，如果怀孕后再做手术，可能会诱发流产、早产。
具体有卵巢囊肿需不需要做手术，需要咨询生殖科的医生，根据卵巢囊肿的大小及性质考虑。
如果是卵巢子宫内膜异位囊肿，会影响卵巢的排卵，一般是先手术治疗以后再做试管婴儿。如果是病理性的囊肿，一般大于5cm，也是建议手术以后再做试管婴儿的。
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