大便真菌孢子一般不会自愈，真菌孢子属于一种真菌感染，大便中一旦存在真菌孢子，需要及时服用调理肠道菌群的药物，帮助促进疾病痊愈。
但是，有些患者大便中有真菌孢子存在，不一定是真菌感染造成的，也有可能是肠道菌群紊乱导致的，这种情况有自愈的可能性。
如果真菌感染比较严重时，还很容易引起急性肠胃炎症，需要积极的使用抗真菌类的药物进行治疗，服用药物之后，还需要定期到医院进行复查，平时还需要多喝水，多吃一些新鲜的水果、蔬菜，保持大便通畅。
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