阴超和腹部B超在临床应用中各有优势。首先二者相比，阴超的图像是比腹部B超显示得清晰，同样测量的数值误差比较小。再者阴超的探头是高频率探头，而且是放入阴道内进行检查，距离子宫和卵巢比腹部B超更近，对图像的分辨率也更高。阴超的优势在于特别适合观察子宫内膜的病变，比如息肉、增生等。对于早孕孕囊显示要早于经腹部B超5天左右，而且能清晰显示出孕囊内的卵黄囊及原始心管搏动的情况。阴超对宫外孕诊断临床符合率也是明显高于腹部B超的，还有很重要的一点，阴超不用憋尿，能节省患者大量的时间。
但是并不是所有的疾病都有优势，孕检期做检查最好不要做阴道超声检查。腹部B超进行妇科检查时，首先要憋尿充盈膀胱，然后再对子宫附件区进行扫查。这样超声波通过的途径会比较长，会被吸收掉，因此反射回来的声波形成的影像就没有那么清晰，但是腹部彩超也有自己巨大的优势，扫的范围比较广，可以看见阴超看不见的区域。二者各有优势，临床有必要时可以联合应用。
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