支原体感染如果发生于呼吸系统，头疼通常是正常的。支原体感染如果出现在泌尿生殖道，头疼一般是不正常的。
支原体感染发生于呼吸系统时，会使患者出现比较明显的全身症状，比如身体乏力、高热等，容易导致体质比较虚弱，引起头疼。发病后还会出现咳嗽、喘憋、呼吸困难等症状，导致脑部缺血、缺氧，发生头疼。如果不及时治疗，随着病情加重，头疼还会比较剧烈。
支原体感染如果发生于泌尿生殖道，女性的主要症状为性交疼痛、阴道不规则出血等，男性的主要症状为尿道口红肿、尿痛等。如果患者发生头疼，一般是不正常的，可能是其他原因导致的，需要就医明确具体病因。
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