骨髓移植排异反应持续时间，因患者而异，无确切时间标准。骨髓移植排异反应，按时间周期，大致可分为急性排异反应、慢性排斥反应。
骨髓移植术后急性排异反应通常是指术后治疗后100天以内的排斥反应，该阶段常见排斥反应症状包括恶心、呕吐、腹泻、脱发、反复性感染等。急性排异反应期间，患者通常需接受抗排斥药物治疗，尽可能减低排斥反应对机能的影响程度，提升术后成功率。包括甲氨蝶呤、他克莫司胶囊、醋酸地塞米松片等，可起到抑制免疫系统功能，缓解上述不良症状。
骨髓移植术后慢性排异反应通常是指术后治疗100天以后仍存在排斥反应，慢性排斥反应按照严重分级，采取治疗措施，也具有一定差异性。对于Ⅰ级或以下的慢性排斥反应，可视术后患者实际病况及症状，可给予随诊观察、药物治疗等治疗措施。药物治疗通常可酌量增减甲氨蝶呤、他克莫司胶囊、醋酸地塞米松片等抗排斥药物的剂量。Ⅱ级或以上等级的慢性排斥反应，则可能需要采取联合性治疗措施，如ICU监护、脏器移植术等。
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