先天性肠扭转的原因，通常是由于肠管发育畸形，或者系膜血管发育异常所致的。实际上新生儿肠管大概2m，成人可能要3m，甚至还要再长3m、4m的肠管。
肠管在腹腔里面蜿蜒回转的，互相之间不打结，是由于正常的解剖结构，系膜血管就像扇子，就是折扇扇骨形成扇面，在身体里系膜形成单面去发育，把肠管固定住的。但是如果先天系膜发育差，肠管不是扇面，是一束。一束血管就像一个气球，一把气球攥在手里，上面好多气球互相会缠绕在一起，发生扭转。
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