心脏室间隔缺损形成主要原因有基因遗传缺陷、宫内病毒感染，以及孕妇患有代谢性疾病、叶酸的缺乏等。
1.基因遗传缺陷。多基因遗传缺陷导致心脏室间隔缺损是比较常见的原因。而单基因遗传缺陷或者染色体发生畸变导致的心脏室间隔缺损不多见，但是也有发生的几率。
2.宫内病毒感染。在孕早期发生宫内病毒感染，比如感染风疹病毒、柯萨奇病毒、流感病毒等。
3.患有代谢性疾病。比如糖尿病或者孕妇接触某些放射性的物质、化学物质，以及某些药物、毒物等。
4.叶酸的缺乏。如果孕妇体内缺少叶酸，也会导致胎儿心脏室间隔缺损。
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