部分患者服用黄连素后会出现恶心、呕吐，甚至出现皮疹、发热等不良症状，黄连素经常服用容易产生耐药性。
黄连素主要是缓解肠胃炎、细菌性痢疾等消化道症状的药物，对于非上述症状病因的患者服用，不起任何作用。因此在服用时，患者应明确病症起因后，再决定是否服用。
长期服用黄连素对患者的肠胃功能也会造成一定的影响，脾胃虚寒的患者应禁止服用。黄连素引起的副作用还包括出现药物性过敏、休克、心慌、气短、关节痛等症状。
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