感染性心内膜炎是不会自愈的。因为导致感染性心内膜炎的细菌，包括真菌，是不会自行消失的。
对于急性感染性心内膜炎，如果不治疗，四周内的死亡率几乎是百分之百。不治疗的亚急性心内膜炎的死亡率也是相当高的，即便没有生命危险的感染性心内膜炎，也会遗留心脏功能不全等后遗症。
所以对于感染性心内膜炎一定要积极治疗，应该做细菌培养加药敏试验，并根据试验结果选择最敏感的药物治疗。治疗的时间应该足够长，一般需要两个月左右的时间，如果造成瓣膜的损伤还应该进行手术治疗。
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