肺脓肿不一定是细菌感染引起的。但大部分的肺脓肿都是细菌感染引起的，常见的引起肺脓肿的细菌有分枝杆菌、各种厌氧菌以及化脓性细菌等。除细菌外，真菌以及寄生虫感染也有可能引起肺脓肿。
治疗肺脓肿主要通过抗炎和引流两种治疗方法，抗炎主要是使用抗生素治疗，可根据感染的病原体选择抗生素。对于厌氧菌感染引起的肺脓肿主要使用青霉素类抗生素，若是对青霉素不敏感的脆弱类杆菌引起的肺脓肿可使用林可霉素治疗。
对于真菌或寄生虫感染引起的肺脓肿可使用抗真菌药或抗寄生虫药治疗，引流主要是通过口服祛痰药或利用超声雾化等方式将痰液引流出来。
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