中药是很难根除幽门螺旋杆菌的，有一些中药可能会抑制幽门螺杆菌的生长，但是很难达到根除的治疗效果。
幽门螺旋杆菌的存在和多种疾病有关，比如说慢性胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡、胃黏膜相关淋巴瘤、胃癌等。所以，如果病人有慢性胃炎反复发作的病史，或者有消化性溃疡的病史，或者家族中有胃癌的病史，并且本身也感染了幽门螺杆菌，那么就应该口服药物根除这种细菌。
一般建议的根除方案是四联疗法。也就是一种质子泵抑制剂、一种铋剂和两种抗生素。如果病人没有青霉素过敏史，其中一种抗生素首选青霉素，另一种抗生素可以选择左氧氟沙星、痢特灵或者克拉霉素。根除的疗程一般是14天。根除以后如果想检测是否根除成功，那么需要停药一个月以后再进行呼气实验检测。
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