贾第虫病是一种肠道传染病，因此防治的首要原则是隔离治疗，同时要积极彻底治疗患者和没有症状的包囊携带者，要加强水源卫生管理，注意个人的饮食卫生，并且避免吃生冷食物，避免喝生水，是预防该疾病的重要措施。
同时也可能需要积极的增强机体的免疫力，一旦明确诊断，需要及时地给予驱虫药物治疗，以及对症处理的药物治疗。
如果有引起电解质紊乱，重度脱水，有可能需要通过输液治疗的方式缓解，避免疾病慢性化。
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