手上长扁平疣主要是人乳头瘤病毒感染导致的，免疫力低、外伤等可能会导致手上长扁平疣。
1.免疫力低。人乳头瘤病毒感染是手上长扁平疣的基本病因，人乳头瘤病毒包括多种类型，其中HPV-3型为导致扁平疣的主要类型。如果机体免疫力比较低，接触人乳头瘤病毒时更容易被感染，从而导致手上长扁平疣。
2.外伤。如果手部的皮肤存在小伤口，不注意消毒时可能会导致人乳头瘤病毒通过皮肤黏膜的破损处进入皮肤内部。在手部复制、繁殖，可能会引起上皮细胞发生异常的分化和增生，进而引起手上长扁平疣。并且接触携带病毒的物品或接触患者的血液、体液等，也可能会导致手上长扁平疣。
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