一般引起下呼吸道感染的常见的病原菌多为细菌和病毒，少见的还有真菌、支原体、衣原体等，最常见的就是细菌。
临床上常见的致病细菌有流感嗜血杆菌、葡萄球菌以及肺炎链球菌，它们常常引起的是急性下呼吸道感染。病毒中最常见的就是常说的流感病毒，当出现新的传染性高的病毒，又不多加注意的情况下，很容易引起大流行。而并不太常见的真菌、支原体以及衣原体，它们既不是病毒也不是细菌。
需要注意的是，除了这些病原菌以外向吸烟、空气污染、粉尘以及冷空气等，也可能会引起下呼吸道感染。一旦感染病原菌，除了积极治疗外，日常生活中要勤洗手、多通风。与人接触时，注意戴口罩、不要随地吐痰、注意打喷嚏的礼仪等，尽量避免传染给他人。
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