新生儿甲减治疗及时不会对以后有影响，可以变聪明。新生儿甲减治疗不及时又可以诊断为呆小症，主要是因为缺乏甲状腺激素所引起的。而缺乏甲状腺激素，患者可以有智力的减退，也可以有躯体的畸形。
这种疾病起病越早，提示病情越严重。如果能够早期给予补充甲状腺激素的药物治疗，可以使患者的神经发育恢复到正常状态。主要是因为脑的发育在出生以后的数周以内，是非常重要的。
而理想的替代治疗，就是应该在出生以后的三周以内时，甲状腺激素给予足量的补充，使甲状腺功能恢复正常。最好是能够在出生两周以内，使血清游离T4维持在正常值的上限水平。
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