功能性消化不良可能与生理性因素有关，也可能是由于内脏敏感性过高、幽门螺杆菌感染等因素引起的。
1.生理性因素。部分食物，尤其是刺激性或者寒性食物，可能会刺激胃肠道，导致胃肠道出现痉挛，导致胃肠道正常的消化和吸收功能障碍。然后可能会出现腹痛、腹胀、腹泻的症状。
2.内脏敏感性过高。如果内脏在受到同一压力的作用下，功能性消化不良的患者相比于其他的健康人，对于结肠直肠扩张的疼痛阈值的耐受性明显较低，更容易出现腹痛、腹胀症状。
3.幽门螺杆菌感染。由于幽门螺杆菌感染并在胃黏膜上大量的进行繁殖，可能会刺激胃黏膜，产生长期的慢性炎症刺激，引起胃酸分泌过多，导致对酸的清除能力下降，引起腹痛、腹胀以及食欲不振的症状。
除此之外，遗传以及精神心理因素也有可能会引起功能性消化不良，建议及时到医院的相应科室就诊，完善检查并规范治疗。
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