心脏射频消融术的后遗症主要是经血管穿刺容易导致局部出血、假性动脉瘤、血肿、穿刺部位感染等。
另外，手术后一部分患者会有穿刺部位不舒服、心慌等症状，一般和心理因素有关。部分患者可能会因为操作不当造成心脏破裂穿孔，导致心包堵塞。如果做心脏射频消融术时误伤传导系统中的希氏束，会导致二度房室传导阻滞或者三度房室传导阻滞，必要时要进一步安装心脏起搏器，才能达到好的改善作用。此外，如果手术失败会让病情复发。
心脏射频消融术越来越成熟，严重的并发症已控制在千分之一以内，所以不用有太大的心理负担。
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