非感染因素造成的肠胃炎，有内分泌激素的肿瘤或者滥用缓泻剂，也可能是脂肪酸吸收障碍。部分由甲状腺功能亢进，以及对蛋白质过敏的患者，也可能会出现非感染性的肠胃炎症状。
除此以外，食物中毒或者腹部受凉，也可能会导致患者出现肠胃炎的症状。在选择用药的过程当中，需要做大便常规的检查以及血常规检查，排除感染因素后给予使用保护胃肠黏膜药物。
对于非感染因素造成的肠胃炎，需要避免使用抗生素治疗，否则有可能会导致患者肠炎症状的加重。
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