新生儿血小板低的处理方法需根据引起的原因制定，常见原因包括病毒感染、再生障碍性贫血、新生儿血小板减少症等。
新生儿感染EB病毒或巨细胞病毒后，会对机体的免疫功能造成影响或者破坏，导致体内产生血小板抗体，从而导致血小板下降，表现为新生儿血小板低。需要在医生指导下规范使用抗病毒的药物进行治疗，比如奥司他韦、利巴韦林等，用药期间要注意做好新生儿的个人卫生，家人在接触新生儿前也要洗手。
再生障碍性贫血主要表现为贫血、感染、出血等，多考虑是基因突变、病毒感染引起，由于骨髓造血功能衰竭，所以也会引起新生儿血小板低，使新生儿出现面色苍白、发热、出血等症状。可以通过免疫抑制治疗，如局部注射抗胸腺细胞球蛋白、环孢素等药物；有条件者也可以通过骨髓移植的方式，从根本上解决新生儿血小板低的情况。
新生儿血小板减少症主要的临床表现是血小板计数少于100xl09/L，引起原因与遗传、药物、免疫因素等有关。需要及时通过静脉输血的方式输入血小板，改善新生儿的不适症状，如有需要可能还需通过手术方式切除新生儿的脾脏。
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