甲型流感大多数治愈无后遗症，但少数重症患者会并发肺部感染、败血症、心力衰竭等，治疗后会出现肺纤维化、关节畸形、下肢水肿等后遗症。
1.肺纤维化。甲型流感病毒会侵入肺部，轻症只是轻微的上呼吸道症状，无需治疗可以自己痊愈。而患心脏病、哮喘、肺气肿基础疾病的患者和妊娠期女性容易发生肺部感染。如果甲型流感病毒侵入到人体终末气道、肺泡、肺间质引起炎症反应，导致肺脏气体交换功能减弱，活动耐力下降，治愈可出现肺纤维化后遗症。
2.关节畸形。当流感病毒侵入抵抗力较弱的人群，病情较重时，流感病毒由病灶侵入血液循环，持续存在，并迅速繁殖，容易产生大量毒素，引发败血症。身体多部位大关节出现红肿、疼痛、活动受限，少数关节腔积脓积液，可导致关节畸形后遗症。
3.下肢水肿。重症甲型流感呼吸道感染可诱发心力衰竭，导致心脏泵血功能受损，患者需要增加卧床休息时间，如果长期卧床容易导致静脉血栓，可造成不同程度的下肢水肿后遗症。
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