脑脓肿在病情的不同阶段，有不同的表现。
在急性脑炎期，细菌进入脑白质，病灶区出现炎性细胞浸润，脑组织软化坏死，出现脑膜炎反应。会出现全身急性感染中毒症状，比如高热、头痛、呕吐、嗜睡、全身乏力，颈部抵抗。病程大概1~2周。应用抗生素后全身症状很快可以得到缓解。
在化脓阶段，软化坏死炎性灶会形成脓液，许多坏死化脓灶逐渐融合成脓腔，病人全身感染症状好转或消失，此阶段可称潜伏期。潜伏期长短不一，可以数天到数月。
在包膜形成阶段，因为脓腔壁的肉芽组织和神经胶质细胞纤维化，进而形成包膜。随着包膜的逐渐形成和脓腔的增大，颅内压逐渐升高，病情发展快的患者容易出现脑疝。会表现为突然昏迷，瞳孔散大，呼吸减缓或停止，脉搏迟缓，血压上升后下降。另一种是脑脓肿破裂，形成急性化脓性脑室炎或脑膜炎。病人会突然高热、昏迷、抽搐、末梢血和脑脊液粒细胞剧增，死亡率极高。
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