睡眠障碍科主要治疗各种原因引起的睡眠障碍，其属于神经内科的范畴，而精神科主要治疗精神和心理出现障碍的患者，这两个科主要在于治疗疾病的类型不同。
睡眠障碍科主要治疗各种原因引起的失眠，如环境因素、心理因素、药物作用、躯体疾病，以及精神疾病等。精神科治疗的疾病类型更加广泛，主要包括各种类型的精神以及心理疾病，如焦虑症、抑郁症、精神分裂症、强迫症等。此外，儿童的精神心理发育异常性疾病，如儿童多动症以及自闭症等，也属于精神科疾病的范畴。
两个科之间也会有一定的交叉，比如有些心理和精神类的疾病，如焦虑以及抑郁症等会出现睡眠障碍。此外，一些抗焦虑、抗抑郁的药物，也可以缓解睡眠障碍的症状。
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