新生儿甲亢大部分是能自愈的。新生儿甲亢有两种类型，第一型是因为母亲怀孕时患有毒性弥漫性甲状腺肿，且没有得到妥善治疗，母体的促甲状腺素受体抗体通过胎盘进入胎儿体内使之发生的甲亢。
这一类型的新生儿甲亢随着体内的促甲状腺素受体抗体的自行降解，甲亢的症状也会慢慢得到缓解，可以不需要治疗。如果甲亢症状明显的，可以使用药物治疗缓解及控制甲亢症状，待TRAb消失即可停药。一般在出生后1～3个月均可恢复正常。
第二型较少见，是为TSH受体突变所致，属于常染色体显性遗传疾病。这一类型治疗效果差，易复发，可行甲状腺全切手术处理。
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