新冠核酸检测不能查出艾滋病。新冠核酸检测的敏感度比较高，但具有绝对的特异性，也就是新冠核酸检测结果仅能代表新型冠状病毒的检测结果。所以，检测分析仅对新型冠状病毒设定，并不能对于其他的疾病进行检测，包括艾滋病毒。
核酸检测的原理主要是由于每一个生物的核酸都有特定的核酸序列以及DNA序列，所以只要检测出人体内有特定病毒基因序列，并且采用荧光定量PCR的方法把这个基因序列扩增。如果是带有病毒的患者会检测出荧光信号增强，就可以显示阳性的结果。
综上来看，艾滋病毒的常用到检测方法也包括直接检测病毒的核酸，与新冠核酸检测虽同为核酸检测，但两种检测方法仍存在本质上的区别，要进行甄别。
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