小儿脑炎会引起肚子疼，但不一定很明确。胃肠道的病毒很少会对大脑造成损伤，但是有部分或者极少部分的胃肠道病毒能够侵犯中枢神经系统，而出现炎症反应。
如果胃肠道病毒引起的或者胃肠道病原微生物引起的大脑炎症反应，在早期就表现为腹部不适或者疼痛等一些反应，但也会出现脑炎的一些其他表现，比如发烧、头痛、意识障碍、精神情绪异常等。
一些实验室检查可以发现，除了血液系统有异常之外，胃肠道的检查，比如大便的常规和细菌培养，也能够发现类似的病原微生物。
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