腺病毒感染常见的是呼吸道感染，需要与其他病毒性呼吸道病原体和肺炎支原体造成的疾病相鉴别。
但基本上无法从症状上进行鉴别，需要通过组织培养的方法来诊断腺病毒感染，通过鼻腔、咽部和呼吸道分泌物进行快速病毒诊断。腺病毒也与多种非呼吸系统疾病相关，如急性腹泻、角结膜炎、出血性膀胱炎等。
需与其他病原体引起的感染相鉴别，如细菌性痢疾、细菌引起的结膜炎和尿路感染。这些疾病与腺病毒感染的症状大致相似，需要通过细菌培养加以鉴别诊断。
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