绝大多数新生儿肠闭锁是完全治愈没有后遗症的。
有一部分孩子肠闭锁，先天性肠闭锁合并先天性的短肠，将来会有短肠综合征。可能在很长一段时间内，需要通过静脉营养来辅助来帮助逐渐恢复。有一些孩子可能在很漫长的治疗过程中，逐渐可以脱离静脉营养，而达到完全的肠内营养。
肠闭锁的治疗是不一样的，根据自身的情况将来的预后也是有所不同的，但是可以说绝大多数的肠闭锁自身的发育还是可以的。
通过外科的手术治疗，是可以在相对短的时间内，比如三周、一个月以后，完全恢复到家庭当中去，可以出院，可以自己去喂养孩子，达到正常孩子的状态。
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