中毒性细菌性痢疾主要是感染比较严重，不好控制。所以治疗痢疾杆菌首选的药物主要是喹诺酮类药物。这种药物，包括氧氟沙星、加替沙星和莫西沙星等。
现在比较有效的药物是莫西沙星。但是因为喹诺酮类药物在儿童，孕妇和哺乳期妇女包括老年人、肾脏功能有异常的人应用的时候都受到限制。所以，除了喹诺酮类药物以外，还可以考虑头孢类药物。
当然，个别人如果头孢过敏的话，也可以考虑应用阿奇霉素或者应用黄连素等这方面的药物进行治疗。另外，除了抗生素之外，还要对症补充水和电解质，共同进行治疗。
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