月经没有干净的情况下，如果同房腰痛，有可能是以下原因导致的。
第一，就是因为子宫是后屈后倾位，所以，同房的时候会刺激，引起子宫收缩而刺激到后腹膜，所以会引起腰痛的症状。
第二，就是在同房之后出现腰痛，有可能是因为有宫颈炎症，这种炎症波及到骶韧带，所以会引起韧带充血。在同房的时候，会加重这种充血的状态，所以，会引起腰痛。
第三，有可能是月经还没有干净，同房导致病原菌感染，而引起相应的炎症性反应，所以会出现腰痛的现象。建议月经没有干净之前不要同房，并且也建议在月经期间，一定加强外阴局部护理，勤换卫生巾，并且适当地给予休息。