初生儿喝母乳腹泻涉及的原因比较多，要查明引起腹泻的原因，再采取相应的方式处理。
如果腹部受凉会引起腹泻，可以服用益生菌、蒙脱石散止泻，腹部热敷驱除体内的寒气改善腹泻。
部分初生儿可能对乳糖不耐受，体内分泌缺少乳糖酶，从而会导致出现喝母乳腹泻，在喂母乳之前的10分钟服用乳糖酶，可以逐渐改善腹泻。
如果是肠道感染引起的腹泻，需要给予抗生素控制炎症，结合应用蒙脱石散、益生菌、补液盐等药物治疗。
过敏因素引起的腹泻，比如母亲进食过敏的食物也会出现此症状，母亲要避免进食这些食物，必要时可以给予抗过敏治疗。