引起男性尿路感染的原因很多，最常见的原因为尿道口清洁度低、尿道口滋生致病菌。因为在尿道口滋生致病菌的情况下，致病菌容易随着尿道上行至尿路系统，从而引起尿路感染。
频繁地发生不洁净的性生活，例如和患有阴道炎或者尿道炎的性伴侣同房，就容易发生交叉感染，从而引起尿路感染。
另外，少部分的尿路感染患者还和生殖系统炎症，例如输精管炎或者睾丸炎有关。因为患有这些炎症后，如果没有及时治疗，致病菌会随着血液进入到泌尿系统，从而引起尿路感染。