区分隐球菌性脑膜炎和细菌性脑膜炎：
第一，流行病学角度，新生隐球菌多发生在免疫缺陷患者，而新生隐球菌脑膜炎很少发生在免疫力正常的患者，大量新生隐球菌存在于鸽粪中，所以病人通常可以询问鸽子的接触史。
第二，新生隐球菌性脑膜炎的症状较普通细菌性脑膜炎更为严重，如高压表现更为明显，故患者头痛、恶心、呕吐、颈部僵硬等表现较普通细菌性脑膜炎更为明显。
第三，新生隐球菌性脑膜炎的治疗比细菌性脑膜炎困难。