2型糖尿病不是自身免疫系统缺陷导致的。它通常与遗传背景和环境因素相关，而与自身免疫系统缺陷相关的通常是一型糖尿病。
1型糖尿病的发病机制主要是由于自身免疫存在缺陷，免疫系统定位错误，导致身体里面产生了可以攻击胰岛β细胞的抗体，从而导致胰岛β细胞大量被破坏或者是凋亡，从而导致胰岛素的分泌受到影响。
这一类的患者通常需要终身使用胰岛素来降血糖，否则若血糖代谢紊乱严重可以直接导致身体能量缺乏，引起多器官的功能紊乱，尤其是脑。