一蹲下肛门位置就会刺痛，可能是肛周脓肿引起，这是比较严重的肛周疾病，肛门疼痛剧烈。因为蹲下的时候，会造成屁股局部的皮肤受到牵拉，会引起刺痛感。还会伴有发烧，甚至寒战等症状。
也有可能是陈旧性肛裂引起，因为裂口没有愈合，蹲下的时候会牵拉到裂口，裂口被撕裂，也可导致肛门位置出现刺痛感。
痔疮形成血栓，蹲下的时候有可能会造成痔疮受到牵拉，也可引起肛门刺痛，伴有肛门瘙痒、坠胀不适。
建议前往肛肠外科完善相关检查，明确诊断，对症治疗。