女性患有巧克力囊肿后怀孕的几率大小不能够具体确定。但是患有巧克力囊肿后会对怀孕造成一定的影响，因为囊肿生长在卵巢处对卵巢的排卵功能造成影响。
如果巧克力囊肿比较小也有怀孕的可能性，但是怀孕以后身体内的激素水平会发生变化，导致囊肿继续增大，会对胎儿造成一定的影响。
女性患有巧克力囊肿后，如果有生育要求，建议先治疗巧克力囊肿，然后再备孕。一般比较小的巧克力囊肿可以通过药物治疗，如果药物治疗作用效果不明显或者是囊肿比较大，可以在腹腔镜下微创摘除。