非淋菌性尿道炎的治疗，首先应该明确是什么病原体感染。
一般情况下感染的病原体最主要是沙眼衣原体及支原体感染。对于沙眼衣原体及支原体感染所导致的非淋菌性尿道炎，首先应该选用阿奇霉素治疗。同时对于患者的性伴侣也应同时检查治疗。
在治疗期间，双方应禁止性接触。患者个人应注意卫生，多喝水。
如果患者的临床症状消失在一周以上，并且尿道口没有分泌物，尿常规检查阴性，支原体及衣原体检查也是阴性，此时可以达到治愈的标准。